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松果體因其在光周期現象中的重要作用，已經被人們認為是神經內分泌的傳感器。松果體主要分泌的激素是：N-乙酰-5-甲氧色胺和褪黑激素，褪黑激素一般是由色氨酸合成而來的。血漿褪黑激素的濃度可在夜間達到。褪黑激素*的波動變化可以反映出一些關于時間變化的信息，如夜晚的長短。褪黑激素的分泌會受到神經系統的調節。交感神經系統在調節褪黑激素分泌方面發揮有重要作用，它主要是通過釋放去甲腎上腺素來調節的。據報道，褪黑激素分泌方式和水平的變化與人的一些生理狀態*，如：失眠、時差感、情緒低落、壓力大、精神分裂癥、丘腦下部性閉經、神經想食欲缺乏、某些癌癥、免疫系統紊亂和青春期性成熟的影響。大多數循環褪黑激素都可在肝內代謝成6-羥基褪黑激素，之后變成6-硫酸褪黑激素而隨尿液排除。

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